Un des thèmes de recherche principaux de l’équipe est l’étude des interactions récepteur-ligand par modélisation moléculaire, afin d’identifier les déterminants structurels responsables de l’activité et de la sélectivité observées expérimentalement. Ceci permet ensuite d’optimiser la structure des ligands et ainsi améliorer leur propriétés biologiques.

Ces travaux sont réalisés en collaboration avec des équipes expérimentales à l’ICSN ou à l’extérieur.

Les techniques utilisées sont principalement le docking et le criblage virtuel, la création de librairies ciblées de ligands, la construction de modèles par homologie et la dynamique moléculaire. Nos librairies virtuelles de ligands contiennent des produits synthétiques, naturels, et dérivés de produits naturels, avec des modes d’interaction covalente et non-covalente. Les cibles étudiées sont solubles ou membranaires, en utilisant des approches « structure-based » et « ligand-based ».

Conception de nouveaux inhibiteurs de neuraminidase

Surpateanu, G. ; Soulé, J.-F. ; Beau, J.-M. ; Norsikian, S. ; Iorga, B. I., Conformational study of glycal-type neuraminidase inhibitors. J. Carbohydr. Chem. 2012, 31, 114-129 [HTML].

Conception de nouveaux inhibiteurs des protéines anti-apoptotiques

Colas, C. ; Roussi, F. ; Iorga, B. I., Focused ligand libraries as tools for in silico design of anti-apoptotic proteins inhibitors. In Chemistry for Life Sciences, Medimond : Bologna, 2011 ; pp 41-46.

Etude de l’interaction des kinases avec des inhibiteurs de type alkaloïdes flavoniques

Nguyen, T. B. ; Lozach, O. ; Surpateanu, G. ; Wang, Q. ; Retailleau, P. ; Iorga, B. I. ; Meijer, L. ; Guéritte, F., Synthesis, biological evaluation, and molecular modeling of natural and unnatural flavonoidal alkaloids, inhibitors of kinases. J. Med. Chem. 2012, sous presse [HTML].

Etude de l’interaction de la nitroréductase NfrA1 avec des substrats et inhibiteurs

Cortial, S. ; Chaignon, P. ; Iorga, B. I. ; Aymerich, S. ; Truan, G. ; Gueguen-Chaignon, V. ; Meyer, P. ; Morera, S. ; Ouazzani, J., NADH oxidase activity of Bacillus subtilis nitroreductase NfrA1 : Insight into its biological role. FEBS Lett. 2010, 584, 3916-3922 [HTML].

Etude de l’interaction de la tubuline avec des inhibiteurs de type indolobenzazepinone

Pons, V. ; Beaumont, S. ; Tran Huu Dau, M. E. ; Iorga, B. I. ; Dodd, R. H., Rigid analogues of antimitotic indolobenzazepinones : New insights into tubulin binding via molecular modeling. ACS Med. Chem. Lett. 2011, 2, 565-570 [HTML].

Etude de l’interaction de l’acétylcholinesterase avec des inhibiteurs de type benzofurane et triterpène

  • Liu, J. ; Dumontet, V. ; Simonin, A.-L. ; Iorga, B. I. ; Guerineau, V. ; Litaudon, M. ; Nguyen, V. H. ; Guéritte, F., Acetylcholinesterase inhibitors from Styrax agrestis : Identification, structure-activity relationships and molecular modeling studies. J. Nat. Prod. 2011, 74, 2081-2088 [HTML].
  • Rouleau, J. ; Iorga, B. I. ; Guillou, C., New potent human acetylcholinesterase inhibitors in the tetracyclic triterpene series with inhibitory potency on amyloid beta aggregation. Eur. J. Med. Chem. 2011, 46, 2193-2205 [HTML].

Etude de l’interaction des cyclodextrines avec docetaxel

Mazzaferro, S. ; Bouchemal, K. ; Gallard, J.-F. ; Iorga, B. I. ; Cheron, M. ; Gueutin, C. ; Steinmesse, C. ; Ponchel, G., Bivalent sequential binding of docetaxel to methyl-β-cyclodextrin. Int. J. Pharm. 2011, 416, 171-180 [HTML].

Etude de l’interaction des récepteurs nicotiniques de l’acétylcholine avec des toxines de type spiroimine

  • Aráoz, R. ; Servent, D. ; Molgó, J. ; Iorga, B. I. ; Fruchart-Gaillard, C. ; Benoit, E. ; Gu, Z. ; Stivala, C. ; Zakarian, A., Total Synthesis of Pinnatoxins A and G and Revision of the Mode of Action of Pinnatoxin A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 10499-10511 [HTML].
  • Aráoz, R. ; Chabaud, L. ; Guillou, C. ; Molgó, J. ; Iorga, B. I., Spiroimine toxins in complex with nicotinic acetylcholine receptors : Structure and dynamics. Biophys. J. 2011, 100, 347a [HTML].
  • Aráoz, R. ; Servent, D. ; Molgó, J. ; Iorga, B. I. ; Fruchart-Gaillard, C. ; Benoit, E. ; Gu, Z. ; Stivala, C. ; Zakarian, A., Pinnatoxins : an emergent family of marine phycotoxins targeting nicotinic acetylcholine receptors with high affinity. In Toxins and ion tranfers, French Society of Toxinology : Paris, 2011 ; pp 43-47.
  • Aráoz, R. ; Zakarian, A. ; Molgó, J. ; Iorga, B. I., Insights into the interaction of pinnatoxin A with nicotinic acetylcholine receptors using molecular modeling. In Toxins and ion tranfers, French Society of Toxinology : Paris, 2011 ; pp 49-54.
  • Aráoz, R. ; Chabaud, L. ; Guillou, C. ; Molgó, J. ; Iorga, B. I., Molecular dynamics studies of Acetylcholine Binding Protein with spiroimine toxins. In Advances and New Technologies in Toxinology, French Society of Toxinology : Paris, 2010 ; pp 109-114.