Afin de gérer l’ensemble des souches isolées lors des différents projets de recherches, un outil d’organisation a été créé en 2011: la base de données « Souchothèque ». Cette base de données recense l’ensemble des informations liées à chaque souche collectée, isolée et analysée.
Tout d’abord l’origine du micro-organisme: avec une identification de l’hôte, le lieu et la date de récolte ainsi que le programme de recherche sur lequel cette souche a été isolée (en accord avec l’application du protocole de Nagoya et de l’APA).
Une identification génétique de l’ensemble des souches a aussi été implémentée et l’ensemble de ces données est deposé sur le site Genbank. L’identification des champignons est réalisée par amplification de la région ITS4 ou ITS1 de l’ADNr et les isolats bactériens sont identifiés sur la base des analyses de séquences 16S d’ADNr. Les séquences sont alignées avec les séquences d’ADN de GenBank, NCBI, en utilisant BLASTN 2.2.28 et sont déposées dans GenBank pour les numéros d’accession.
Les souches sont conservées en triplicat à -80°C.
À partir des souches une banque d’extraits standardisés a été générée. Ces extraits sont répartis dans des plaques multi-puits afin d’être criblés sur différentes cibles biologiques et sont accessibles à l’ensemble de la communauté scientifique.
Aujourd’hui, plus de 1300 souches symbiotiques sont référencées dans la base de données de la « Souchothèque »; ainsi que plus de 200 extraits.
Cette collection de souches environnementale originales comprend : des micro-organismes mutualistes d’insectes sociaux, des micro-organismes entomopathogènes, des endophytes (mutualistes ou phytopathogènes).
Le but de cette thèque est de dynamiser la recherche sur les substances naturelles et développer de nouveaux axes de recherches au niveau national et international et développer le partenariat industriel.
Responsable: Véronique Eparvier (01 69 82 36 79)