NOEnet — Dirk Stratmann, Carine van Heijenoort et Eric Guittet
NOEnet est un logiciel qui permet d’obtenir l’attribution des résonances RMN du squelette peptidique en exploitant une structure 3D connue de la protéine. Comparé à la méthode standard d’attribution en RMN qui est basée sur les connectivités séquentielles de couplage-J impliquant les noyaux 13C, 15N et 1H, l’approche de l’attribution basée sur la structure de NOEnet utilise un jeu de données complètement indépendant, basé sur les connectivités spatiales NOE entre noyaux HN-HN. La comparaison du réseau NOE avec la structure 3D produit déjà des résultats d’attributions satisfaisantes, qui peuvent être améliorés en ajoutant des données de déplacement chimique (CS) et/ou de couplage dipolaires résiduels (RDC). En plus, la combinaison des deux données orthogonales – couplage-J et NOE – donne de très bons résultats pour l’attribution. Pour cela, l’approche de l’attribution basée sur la structure de NOEnet est une alternative prometteuse à l’approche standard de l’attribution en RMN et en même temps un complément très utile de l’approche standard.
La licence est gratuite pour une utilisation académique et non commerciale.
Références :
- Stratmann D, van Heijenoort C, Guittet E. NOEnet—use of NOE networks for NMR resonance assignment of proteins with known 3D structure. Bioinformatics, 2009, 25(4):474-481
- Stratmann D, Guittet E, van Heijenoort C. Robust structure-based resonance assignment for functional protein studies by NMR. J Biomol NMR, 2010 Feb, 46(2):157-73
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BATCH — Ewen Lescop et Bernhard Brutscher (IBS, Grenoble)
BATCH est une stratégie pour accélérer l’étape d’attribution des résonances du squelette de protéines structurées de poids moléculaire faible ou moyennement faible (<100aa). Cette stratégie inclut plusieurs outils qui lui donnent son nom : BEST/ASCOM/Targeted sampling/COBRA et HADAMAC. BATCH est aussi le nom du logiciel qui facilite le traitement et l’analyse des données RMN ainsi que l’étape finale d’attribution. BATCH est un nouveau module de NMRView et fournit une interface pour NMRPipe.
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Références :
- Brutscher B, Lescop E. « Fast protein backbone NMR resonance assignment using the BATCH strategy. » Methods Mol Biol., 2012, 831:407-28
- Lescop E and Brutscher B. « Highly automated protein backbone resonance assignment within a few hours : the « BATCH » strategy and software package. », J Biomol NMR. 2009, 44(1), 43-57
ASCOM — Ewen Lescop et Bernhard Brutscher (IBS, Grenoble)
ASCOM est un logiciel pour l’optimisation automatique de largeur spectrale dans les expériences multidimensionnelles en RMN, basée sur la connaissance préalable de la position des signaux. ASCOM existe sous trois modes : (1) optimisation de la largeur spectrale des dimensions X=15N or 13C dans les plans 1H-X, (2) optimisation conjointe des dimensions 15N et 13C dans les spectres 3D de corrélation H-N-C ; alternativement, l’angle de projection et la largeur spectrale de la dimension projetée peuvent être optimisés ; (3) optimisation conjointe des dimensions 1H-X dans les plans 1H-X. Le logiciel est écrit en Perl and fonctionne sur toutes les plateformes.
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